In order to understand in more detail the effect of AAV on the retina, it is necessary to first understand the complex structure of the retina. The retina does not only have photoreceptor (rod and cone) cells that detect light. In addition, it contains bipolar, ganglion, and amacrine cells, which are part of the nervous system, and Müller glial cells, which provide structural support. In fact, recent studies have shown that there are more than 120 cell subtypes in the mouse retina. The eye, like the brain, has an immune-privilaged structure. Tissue damage is prevented by physical barriers, such as the blood-retinal barrier, but in some cases, immune cells such as microglia infiltrate the environment and a controlled immunity is created. In addition, cytokines are released into the environment by Müller glial cells and immunity is strengthened. With the aging process, the blood-retinal barrier weakens and these cells partially remain in the retina, so the retina becomes chronically inflammatory at low levels. On the other hand, cytokine release is believed to increase in females due to immune genes located on the X chromosome, creating a stronger immune response compared to male. When examined specifically for the retina, the experiments showed increased immune cell infiltration and decreased gene expression in females. Although it is known that the immune response of the body depends on age and sex, it is not yet fully understood how the inflammation that occurs during AAV treatment is affected by these factors

AAV'nin retina üzerindeki etkisini daha detaylı anlayabilmek için öncelikle retinanın karmaşık yapısını anlamak gerekir. Retina sadece Işığı algılayan fotoreseptör (çubuk ve koni) hücreleri. Ayrıca sinir sisteminin bir parçası olan bipolar, ganglion ve amacrin hücreleri ile yapısal destek sağlayan Müller glial hücrelerini de içerir. Aslında son araştırmalar fare retinasında 120'den fazla hücre alt tipinin bulunduğunu göstermiştir. Göz de beyin gibi bağışıklık ayrıcalıklı bir yapıya sahiptir. Kan-retina bariyeri gibi fiziksel bariyerler sayesinde doku hasarı önlenir ancak bazı durumlarda mikroglia gibi bağışıklık hücreleri ortama sızarak kontrollü bir bağışıklık oluşturulur. Ayrıca Müller glial hücreleri tarafından çevreye sitokinler salınır ve bağışıklık güçlendirilir. Yaşlanma süreciyle birlikte kan-retina bariyeri zayıflar ve bu hücreler kısmen retinada kalır, böylece retina düşük seviyelerde kronik olarak iltihaplanır. Öte yandan kadınlarda X kromozomunda yer alan bağışıklık genleri nedeniyle sitokin salınımının arttığı ve erkeğe göre daha güçlü bir bağışıklık tepkisi oluşturduğu düşünülüyor. Özellikle retina için incelendiğinde, deneyler kadınlarda bağışıklık hücresi infiltrasyonunun arttığını ve gen ekspresyonunun azaldığını gösterdi.Vücudun bağışıklık tepkisinin yaş ve cinsiyete bağlı olduğu bilinmesine rağmen AAV tedavisi sırasında oluşan inflamasyonun bu faktörlerden nasıl etkilendiği henüz tam olarak anlaşılamamıştır.